Ο Βαγγέλης Μαργαρίτης γεννήθηκε στην Κατερίνη στις 5 Δεκεμβρίου 1982. Ξεκίνησε το μπάσκετ από τον Κορινό Πιερίας (1997-99). Αγωνίστηκε επίσης σε: Ηρακλή (1999-2002), Ιωνικό Νικαίας (2002-03), Απολλωνιάδα Πατρών (2003-05), Κεραυνό Αιγίου (2005-07), Περιστέρι (2007-10), ΚΑΟΔ (2010-11), Ίκαρους Σερρών (2011-12), ενώ από το 2012 και για 11 χρόνια φόρεσε τη φανέλα του ΠΑΟΚ, με μία μικρή παρένθεση, όταν τη σεζόν 2011-22 αγωνίστηκε στον Κολοσσό Ρόδου. Από το 2016 ήταν ο αρχηγός του ΠΑΟΚ, με τον οποίο αγωνίστηκε σε 423 επίσημα παιχνίδια, αριθμός που αποτελεί το απόλυτο ρεκόρ στην ιστορία του ΠΑΟΚ. Κανένας άλλος αθλητής στην ιστορία της ομάδας μπάσκετ του ΠΑΟΚ δεν αγωνίστηκε σε τόσα επίσημα παιχνίδια με την ασπρόμαυρη φανέλα.
Το Νοέμβριο του 2017, λίγο προτού συμπληρώσει τα 35 του χρόνια, ο Μαργαρίτης έκανε το ντεμπούτο του με την Εθνική ομάδα μπάσκετ των ανδρών, στην οποία αγωνίστηκε σε 17 παιχνίδια, γεγονός που αποτελεί επίτευγμα και παράδειγμα προς μίμηση για όλους τους νέους αθλητές.
Μετά την αποχώρησή του από την ενεργό δράση, παρέμεινε στον ΠΑΟΚ, ως μέλος του επιτελείου της ομάδας από τη θέση του Τεχνικού Διευθυντή αρχικά (2024-25) και ως Assistant GM στη συνέχεια.